Andelen urban mark är stor i Höje å avrinningsområde i förhållande till många andra avrinningsområden. Till exempel ligger i stort sett hela Lunds stad, Dalby, Genarp och stora delar av Staffanstorps tätorter inom avrinningsområdet. Detta gör att drygt 11%, vilket är en hög siffra, av avrinningsorådet utgörs av urban mark och medför att dagvattenfrågorna har stor betydelse för Höje å.
Höje å avrinningsområde har drabbats av omfattande översvämningar. Det är framförallt de nedre delarna av avrinningsområdet och Önnerupsbäcken som har haft stora problem. Eftersom det är väldigt flackt i mynningsområdet runt Lomma vid Öresundskusten kan det bli problem om flödet i ån är högt samtidigt som vattenståndet i havet är högt. Än besvärligare kan det bli om det samtidigt är stark västlig vind som ytterligare kan höja havets vattennivå.
Till följd av problemen med översvämningar och den stora betydelsen av dagvatten har en dagvattengrupp med representanter från olika förvaltningar i berörda kommuner bildats. Syftet med dagvattengruppen är att i samarbete mellan kommunerna analysera orsakerna till översvämningarna 2007 och studera möjligheterna att hantera de höga flöden som förekommer i Höje å huvudfåra och i biflödet Önnerupsbäcken. Syftet har också varit att se över möjligheterna att samordna befintliga dikningsföretag och deras åtgärder inom avrinningsområdet.