Höje å avrinningsområde har vid flera tillfällen drabbats av omfattande översvämningar. Det är framförallt de nedre delarna av avrinningsområdet och Önnerupsbäcken som har haft stora problem. Eftersom det är väldigt flackt i mynningsområdet runt Lomma vid Öresundskusten kan det bli stora problem om flödet i ån är högt samtidigt som vattenståndet i havet är högt. Än besvärligare kan det bli om det samtidigt är stark västlig vind som ytterligare kan höja havets vattennivå.
Till följd av problemen med översvämningar har en dagvattengrupp med representanter från olika förvaltningar i berörda kommuner bildats. Dagvattengruppen har låtit ta fram översämningsutredningar för både Höje å huvudfåra och för Önnerupsbäcken. Även MSB (Myndigheten för samhällsskydd och beredskap) har gjort en kartering om översvämningsrisker i Höje å avrinningsområde.
Läs mer om dagvattenpåverkan och översvämningsrisker m.m.