Höje å avrinningsområde är ca 316 km2 stort och ligger mellan Sege å avrinningsområde i söder och Kävlingeåns avrinningsområde i norr. Huvudfåran rinner från Häckebergasjön, förbi Genarp, Esarp, Kyrkheddinge och Lund innan den mynnar i Lommabukten vid Lomma. Själva huvudfåran är ca 35 km lång och har en fallhöjd på 65 m. Källflödena är belägna på Romeleåsens västsluttning i det sydskånska sjö- och backlandskapet. Önnerupsbäcken, som är det största tillflödet med en fallhöjd på 40 m, har sitt källområde vid norra utkanten av Lunds stad och ansluter till Höje å strax nordost om Lomma. Från Björkesåkrasjön öster om Sturups flygplats rinner Björkesåkraån ner till Häckebergasjön. Andra biflöden till Höje å är bland annat Dynnbäcken, som är Staffanstorps utflöde i Höje å, Dalbydiket/Källingabäcken, Gödelövsbäcken, Råbydiket och Olstorpsån. I avrinningsområdet är fyra vattendrag och fyra grundvattenförekomster utpekade som vattenförekomster enligt arbetet med vattenförvaltningen. Inga sjöar i området är vattenförekomster. Ån och avrinningsområdet har sitt utflöde i kustvattenförekomsten Lommabukten.